Защита сельскохозяйственных водопроводов от попадания в них болезнетворных бактерий, которые могут быть возбудителями многих заболеваний людей и животных, — очень важное мероприятие. Основными источниками загрязнения водопроводов являются сточные воды из населенных мест и производственных предприятий, где в результате хозяйственной деятельности людей образуются большие количества отработанной загрязненной воды. К наиболее уязвимым звеньям в технологической цепи системы водоснабжения, подверженным возможности инфекционных загрязнений, в первую очередь относятся источники водоснабжения и головные водопроводные сооружения (водозаборные сооружения, резервуары чистой воды и др.).

Согласно действующему в нашей стране закону, поверхностные и подземные источники и устроенные на водопроводе головные сооружения должны быть защищены зоной санитарной охраны. Под зоной санитарной охраны понимается территория вокруг источника водоснабжения и водопроводных сооружений, на которой соблюдается специально установленный режим. Зона санитарной охраны состоит из трех поясов  с различными режимами.

Первый пояс — зона строгого режима — охватывает территорию источника водоснабжения в пределах участков забора воды и расположения головных водопроводных сооружений. Она должна быть ограждена забором или полосой зеленых насаждений. На территории этой зоны запрещается проживание людей, в том числе обслуживающих водопровод, а также размещение каких-либо зданий и сооружений, не имеющих прямого отношения к водопроводу. При использовании поверхностных источников в зону строгого режима включается часть источника протяженностью не менее 500 м вверх по течению и 200 м вниз по течению.

Зона строгого режима для артезианских и других надежно защищенных подземных вод устанавливается размером 0,25 га с радиусом не менее 30 м вокруг скважины. Пря использовании грунтовых вод радиус первого пояса устанавливают не менее 50 м.

Второй пояс зоны санитарной охраны включает в себя, кроме источника водоснабжения, бассейн его питания и другие источники, санитарное состояние которых может ухудшить качество воды в основном источнике. В пределы второго пояса включаются населенные пункты и производственные предприятия. Во втором поясе зоны санитарной охраны предусматриваются мероприятия по благоустройству населенных пунктов, животноводческих ферм и других предприятий.

В этой зоне запрещается использование территории вблизи источников водоснабжения, если это может влиять на ухудшение качества воды в них, устраивать свалки и спускать сточные воды.

Третий пояс зоны служит для проведения наблюдений за инфекционными заболеваниями. Он обычно охватывает смежную со вторым поясом территорию, неблагоприятное санитарное состояние которой может вызвать распространение инфекционных заболеваний через воду. При использовании подземных вод, надежно защищенных от загрязнения сточными  водами,  третий   пояс зоны санитарной охраны не организуют.

Границы зон санитарной охраны сельскохозяйственных водопроводов устанавливают органы госсанинспекции.